创建于1993年，办学历史悠远长久，是上海市最早创立该专业的高校，具有学士、硕士、博士学位授予权。本专业属于上海理工大学管理科学与工程学科，该学科是具有博士学位授予权、同为博士后流动站、上海市重点学科、上海市一流学科、上海市高原学科。
在2012年国务院学位委员会组织的学科评估中本学科为全国前27%的行列；
2014年中国大学排行榜700余所高校的管理学门类的排名：全国前5-6%的行列；
2016年全国高校第四轮学科评估中排名第19，进入前10.16%，是上海理工大学管理学门类中的A等级和“旗舰”学科。
2017年上升至全国第34位，位列A+等级（属于上海理工大学管理学门类中的“旗舰”学科）
2017年，本专业的学科成功进入了Sportlight DC学科排名中的“优势学科”中。
同年成为上海唯一一个获批上海市属高校应用型本科试点专业建设项目的工业工程专业。
工业工程建系以来，在学科建设、创新人才教育培训、师资队伍建设、科学研究、基地建设以及国际化等方面快速地发展，整体实力在全国高校中名列前茅。现有工业工程本科专业；拥有工业工程与管理、物流工程与管理、项目管理3个专业学位硕士点，与其他系共担管理科学与工程一级学术型硕士学位点和博士学位点，共建管理科学与工程博士后流动站。工业工程系先后有教师19人，其中国务院特殊津贴1人，原机械电子部“七五”期间科技攻关先进个人1人，“九五”期间科技攻关先进个人1人，上海市教委科技管理先进个人1人，上海市育才奖1人，宝钢优秀教师1人，上海市高校优秀青年教师1人，国家知识产权专家库入选专家1人(上海11人)，上海市管理科学与工程学科评议组成员1人，中国机械工程学会工业工程专家1人，上海市政府质量奖评审专家1人，入选浦江人才计划1人，入选青年东方学者1人，另外，本专业教师是中国运筹学会行为运作管理委员会常务理事、上海市机械工程学会理事、上海市系统工程学会理事、上海市工程管理学会秘书长、上海市工业工程学会常务副主任等。全系具有正高级职称人员5人，副高级职称5人，具有博士学位17人。
近年来，工业工程系教师先后主持了50余项国家自然科学基金项目、教育部人文社科项目、上海市科委软科学研究项目、高等学校博士点基金、上海市教育委员会科研创新重点项目、建设部科技重大专项子课题等国家级及省部级科研项目，取得了多项处于国内领先和国际领先水平的研究成果，发表论文200余篇，其中SCI/SSCI/EI收录80余篇(Journal of Optimization Theory and Applications，Annals of Physics，Physics Letters A，Journal of Industrial and Management Optimization，Fuzziness and Knowledge-Based Systems，Applied Mathematics and Computation等)；基金委管理类核心期刊论文20余篇；出版专著10部；完成软件著作权和发明专利5项。成果先后获国家科学技术进步二等奖、国务院重大装备奖、国家机械工业局科学技术进步一等奖、教育部科技进步二等奖、上海科技进步奖二等奖2项、上海科技进步奖三等奖4项等。
工业工程系是上海机械工程学会工业工程专业委员会理事长单位，近几年在教学方面有上海市精品课程《生产与运作管理》，上海市教委重点课程《生产与运作管理》、《项目管理》、《工业工程导论管理》，上海高校外国留学生英语授课示范性课程《Operational management》；获批上海市课程思政领航团队，上海市属高校应用型本科试点专业建设项目，上海市级虚拟仿真实验教学中心项目，上海市工业工程专业学位研究生联合培养实践基地，教育部产学合作协同育人项目等，出版教材5部，承担校级教学改革项目20余项，发表教研论文30余篇。成果先后获得上海理工大学教学成果奖一等奖，上海市教学成果奖三等奖2项。
依托国家级经管实验教学示范中心和国家级现代企业运营虚拟仿真实验教学中心，工业工程建立了国内先进的工业工程教学和科研实验体系，设有基础工业工程、物流工程及人因工程等实验室；拥有ERP软件、Promodel 仿真软件、Flexsim物流仿真软件、工件研究软件、生产排程软件等。
工业工程系学生就业率从始至终保持在99%以上，分别就业于施耐德、延峰、光明乳业、富士康、沃尔沃、绿地、台积电、各大银行等。在学生创新方面，采取“德智体美劳”全面发展的人才创新体系，近几年本系学生参加志愿者服务50余次，多人被评为“特色志愿者”、“优秀志愿者”等称号；指导学生参加上海市工业工程创新应用学科大赛，取得一等奖3项，二等奖5项，参加全国大学生英语竞赛、全国大学生数学竞赛、北美数学竞赛等，获得一等奖、二等奖、三等奖共10余项；鼓励学生参加体育运动，先后取得了篮球、足球、乒乓球、羽毛球、跑步、旱地冰球、跆拳道、手球、电子竞技等国家、上海市、校级比赛的冠军、亚军等奖项40余项；指导和鼓励学生参与各项文艺活动、精神文明和文艺比赛，先后获得话剧、情景剧、诗词、街拍等比赛的市级等奖项10余项；除了指导本科生发表科研论文40余篇，还在2018年“创青春”(挑战杯)全国大学生创业大赛中获得国家银奖、市级金奖，第四届中国“互联网+”大学生创新创业大赛中获得国家铜奖、市级金奖，上海市第六届大学生创业决策仿真大赛二等奖等；立项国家等大学生创新创业计划项目50余项。
工业工程系注重国际交流与合作，先后与英国索尔福德大学，香港城市大学，加拿大多伦多大学建立合作伙伴关系。在多年的办学中，注重通过学科建设带动专业建设，专业建设促进人才教育培训，形成教学与科研相互促进发、学科与专业相长、相互支撑的良性循环发展生态环境。
主要研究方向包括：（1）智能服务与人机一体化智能系统；（2）智慧物流管理；（3）供应链管理与采购管理；（4）质量与可靠性工程；（5）数字化生产制造；（6）项目管理等。
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